Der menschliche Körper ist umgeben von Mikroorganismen. Die Panik einiger Individuen gegenüber Mikroorganismen ist teilweise nicht gerechtfertig. Unsere Haut ist von apathogenen Bakterien überhäuft und bietet einen natürlichen Schutz gegenüber “fremden” Bakterien, in dem ein Konkurrenzkampf um Platz und Nährstoffe stattfindet. Auch im Darm sind Bakterien zu finden, die einen wesentlichen Teil der Verdauung übernehmen. Der menschliche Körper ist zum Beispiel nicht fähig Vitamin B12 (Cobalamin) herzustellen und ist deshalb auf Bakterien angewiesen, welche dieses synthetisieren können.
Jedoch gelangen täglich pathogene Keime und immunogene Stoffe in den Körper. Durch die Respiration, Nahrung, Verletzungen, Geschlechtsverkehr dringen pathogene Mikroorganismen in den Körper ein. Meistens ist der Körper jedoch befähigt diese zu eliminieren, bevor diese eine ernsthafte Krankheit auslösen können. In vielen Fällen haben jedoch Mikroorganismen während der Evolution Überlebensstrategien entwickelt um das Immunsystem zu überlisten. Dabei entstehen akute, aber auch chronische Erkrankungen.
Nicht nur Mikroorganismen und immunogene Stoffe von aussen machen unserem Körper zu schaffen. Auch im Inneren des Körpers entwickeln sich Krankheiten. Diese sind für den Körper jedoch schwieriger zu eliminieren. Dies ist am Beispiel Krebs zu beobachten.
Ein wichtiger, wenn nicht der wichtigste Aspekt des Immunsystem ist die Erkennung und Unterscheidung zwischen Eigenem und Fremdem (Dies wird häufig auch als der heilige Gral der Immunologie bezeichnet). In vielen Beispielen führt ein Ungleichgewicht dieser Erkennung zu schwerwiegenden Folgen. Eine zu starke Toleranz, d.h. das Immunsystem erkennt zu viele fremde Strukturen nicht, führt zu Immuninsuffizienz. Eine Überreaktion hingegen führt, da das Immunsystem fremde, aber auch eigene Strukturen als fremd anerkennt, zu Allergien und Autoimmunkrankheiten.
